강화군 서부에 위치한 석모도에는 해명산, 상봉산, 상주산의 세개의 산이 있어 삼산면이란 지명이 생겼으며, 보문사는 상봉산과 해명산 사이에 위치하는데, 특히, 절이 자리한 곳을 낙가산이라 부른다. 

곧 관음보살이 상주한다는 보타낙가산의 준말이다. 

우리나라 대부분의 사찰이 그러하듯이, 창건연도나 창건에 얽힌 연기 설화등이 분명하게 드러나 있지 못한 상태이나 근대의 고승인 석전 박한영 스님이 작성한 "보문사법당 중건기"에 작성한 글을 토대로 하면 신라 선덕여왕 4년(635년) 화정대사가 창건하였다한다